1954年7月15日，昌吉回族自治区成立，1955年3月11日，昌吉回族自治区更名为昌吉回族自治州。2004年，自治区党委、自治区人民政府提出了乌昌经济一体化的重大决策，2007年，米泉市与东山区合并，现昌吉州行政区域辖木垒县、奇台县、吉木萨尔县、阜康市、昌吉市、呼图壁县、玛纳斯县、昌吉国家农业科技园两市五县一区。昌吉州历史悠久，史称“庭州”。早在新石器时期，木垒河一带已有原始人类狩猎。距今3000～4000年前，州境内已有人类居住。公元前60年，西汉设西域都护府（今吉木萨尔县），唐贞观14年即公元640年，唐太宗在当时的西域重镇吉木萨尔县设“庭州”，公元702年，武则天在此设立了北庭都护府，管辖天山以北、以西直到里海东部、北部广大地域， 自此，历代中央王朝均在此设官置守。光绪十年(1884)新疆建省，境内各县均归镇迪化府所辖。1954年7月15日，昌吉回族自治区成立，1955年3月11日，昌吉回族自治区更名为昌吉回族自治州。2004年，自治区党委、自治区人民政府提出了乌昌经济一体化的重大决策，2007年，米泉市与东山区合并，现昌吉州行政区域辖木垒县、奇台县、吉木萨尔县、阜康市、昌吉市、呼图壁县、玛纳斯县、昌吉国家农业科技园两市五县一区。